第十四条 除第一年外，专项资金按照以下顺序安排：
（一）依据项目完成情况和绩效评价结果实行相应的奖补。即根据上年治理完成项目的绩效评价结果，扣除启动资金部分后，确定补助金额。
（二）对于地方积极性高、前期工作基础好、建设资金能落实、项目管理水平高、组织实施工作有保证的地区，采取中央与省签订责任状的形式，明确目标任务和完成时限，中央集中资金加以支持。鼓励地方加大投入，加快治理，早日完成规划任务。
第十五条 项目绩效评价综合考虑以下因素：
（一）地方投入指标。主要考核该地区上年已完成项目实际到位地方投入。
地方投入包括地方财力安排及通过其他方式筹措的资金。
（二）治理效果指标。主要考核项目治理完成后治理河段防洪（除涝）是否达到设计标准。
（三）生态环境指标。主要考核项目治理完成后治理河段生态环境是否有所改善。
（四）努力程度指标。主要考核地方开展治理工作努力程度（包括前期工作深度、预算执行进度、工程建设进度、项目建设验收管理等内容）。
第四章 专项资金的下达和使用
第十六条 专项资金由财政部通过专项转移支付方式下达到省级财政部门。
第十七条 专项资金拨付到省级财政部门后，由省级财政、水行政部门负责按照规定落实到具体项目，并及时拨付资金。
第十八条 省级财政、水行政主管部门将专项资金落实到具体项目时应遵循以下原则：
（一）轻重缓急原则。优先安排能提高重要城镇和农田保护区的防洪能力等急需治理的项目。
（二）统筹兼顾原则。优先安排对粮食安全、水环境保护、区域经济社会可持续发展作用大、综合效益较好的项目，并向国家级贫困县、较少少数民族地区倾斜。
第十九条 省级财政部门应在收到专项资金后两个月内将专项资金分项目安排清单（含地方投入情况）和实施项目情况表（详见附表1）报财政部、水利部备案。
第二十条 地方财政部门要将专项资金纳入地方同级财政预算管理。各地区和单位不得以任何理由、任何方式截留、挤占、挪用专项资金，也不得用于平衡本级预算。
第二十一条 专项资金要专款专用，主要用于堤防、护岸护坡、清淤疏浚等工程建设的材料费、设备费和施工作业费等，不得用于移民征地，城市建设和景观，交通工具和办公设备购置，以及楼堂馆所建设等支出。
第二十二条 专项资金使用允许在项目间调剂。当年如有结余，可结转下一年使用。
第五章 建设管理
第二十三条 各地要严格按照有关规定和程序，组建项目法人和建设管理机构。执行项目法人制度，按照工程项目等级和重要性控制建设管理人员数量。
第二十四条 严格招标投标程序，按照有关规定规范招标行为，选择符合资质要求、信誉良好、有较好业绩的承包商承担建设任务，严防围标、串标等违法违规行为。主管部门要加强对施工招标投标的监督管理，严肃查处转包和违法分包。
第二十五条 严格监理单位资质审核把关，按规定程序确定监理单位。加强对监理人员的资格管理，监理人员必须全部持证上岗。选配足够的符合要求的监理力量承担项目的监理任务。
第二十六条 有关主管部门和项目法人、设计、监理及施工等单位要按照规定，建立健全工程质量管理监督体系和安全管理监督体系，严格把关，确保工程质量、安全和进度。
第六章 工程验收
第二十七条 建设项目完工后要及时竣工验收，参照《
水利工程建设项目验收管理规定》（2007年水利部令第30号）和国家其他有关规定进行，并将竣工验收结果报送水利部和财政部。
第二十八条 建设项目竣工验收后，要及时办理交接手续，明确管理主体，落实各项管护措施，保证建设项目发挥效益。
第二十九条 地方财政部门要会同水行政主管部门督促项目建设单位强化基本建设财务管理和会计核算工作，及时批复项目竣工财务决算。
第七章 监督管理
第三十条 地方财政部门会同地方水行政主管部门加强项目建设的监管，建立健全监管制度，重点对资金到位及使用、工程进度、工程质量等情况进行监督检查，确保工程建设质量、安全生产及资金使用安全和投资效益。
第三十一条 地方水行政主管部门要加强项目档案管理，项目的相关文件、阶段性总结、资金审批和审计报告、工程监理报告、技术资料、统计数据、图片照片资料等要及时、科学归档保存，严格管理。
