第六条 总局对进出境水生动物质量安全监测工作定期进行考评，表彰做出显著成绩的单位和人员。
第二章 监测计划
第七条 总局根据评估结果和可利用资源，制定和发布国家进出境水生动物质量安全监测计划。
各直属检验检疫局根据所承担的进出境水生动物检验检疫业务工作情况，在国家进出境水生动物质量安全监测计划基础上，根据工作实际制定本地监测计划。
第八条 监测计划包括年度监测计划、应急监测计划。
年度监测计划属于常规监测，是检验检疫机构年度工作计划的一部分。
应急监测计划是应处置突发事件需要而临时增加的监测任务，所监测的项目是年度监测计划未包含的内容。
第九条 监测计划应包括以下主要内容：监测计划的组织实施单位、监测范围、监测对象、监测项目、监测时间、抽样频率、抽样方法及样品要求、检测方法和标准、检测机构、结果统计和报送等。
第十条 各有关直属检验检疫局组织实施监测计划，相关分支检验检疫机构、检测机构以及进出口企业等根据要求承担具体监测工作。
第十一条 一般养殖用(养殖、繁殖、观赏等用途)进出境水生动物以水生动物疫病为主要监测项目，食用水生动物以有毒有害物质、致病性病原微生物为主要监测项目。连续2年监测且符合要求的项目，可不列入下年度监测项目或者降低抽样比例和频率。
监测项目确定的原则：
(一)世界动物卫生组织(OIE)规定需要开展的监测项目。
(二)国家有监测和检测要求的项目。
(三)输入国有监测或者检测要求的项目。
(四)无法确定水生动物中是否存在的项目。
(五)日常监测、检测以及境外通报的不合格项目。
(六)公众关注的项目。
(七)影响水生动物质量安全的生存环境因素的变化，包括有毒浮游生物暴发、环境污染、气候异常变化等。
第十二条 监测时间和抽样频率要结合生产和进出口贸易情况确定，要确保监测结果能够反映从繁殖或投苗、生长过程、捕获等整个生产及进出口过程的实际情况，同时要兼顾监测对象、监测项目可能的季节性、地域性、流行性等特点，科学确定。
一般对每个出境水生动物注册养殖场每年抽样监测不低于2次；野生捕捞中转包装出境的水生动物，按水生动物分类(鱼类、甲壳类、软体类)和捕捞区域划分，每个区域每年抽样监测一般不少于 2次。进境水生动物按照输出国家或者地区、水生动物分类(鱼、甲壳类、软体类)进行监测，前5批进境水生动物应批批进行抽样监测，进境5批以上的按进口总批次的5％进行抽样监测。
