重点检查粮食库存实物与保管账、统计账、会计账、银行资金账的账实相符、账账相符情况，账务处理的合规情况，以及不同性质和品种的粮食按规定进行分账管理、分仓储存情况。对利用农发行粮食收购资金贷款收购的粮食，要重点检查粮食库存与贷款是否对应，资金占用是否合理。
（三）库存粮食质量检查
重点检查中央储备粮、国家临时存储粮和地方储备粮的质量合格率和品质宜存率。其中，地方储备成品粮只检查质量合格率。
（四）中央和地方储备粮轮换管理情况检查
重点检查2008年度中央储备粮和地方储备粮轮换计划执行情况，包括轮换计划下达是否规范，轮换的品种、数量、时间与计划是否一致，轮入粮食的生产年限和质量是否符合政策规定，是否存在擅自串换品种、变更轮换库点和数量以及未轮报轮、转圈轮换、超轮空期轮换等问题。
（五）成品粮库存情况检查
重点检查地方储备成品粮的数量和质量情况。
（六）政策性粮食财政补贴资金拨补情况检查
重点检查2007年和2008年中央储备粮和地方储备粮保管费和轮换费是否及时足额拨补到代储企业，最低收购价粮食收购和保管费用是否及时足额拨补到委托收购库点。
（七）重点非国有粮食经营及转化用粮企业执行统计制度情况检查
重点检查纳入粮食流通统计范围的重点非国有粮食经营企业和转化用粮企业执行统计制度情况。每个市（地）选择3-5家在当地市场具有一定代表性的企业，进行粮食库存情况的典型调查。
二、清仓查库的组织领导
（一）全国清仓查库的组织领导
为加强对全国粮食清仓查库工作的组织领导，成立由国家发展改革委牵头，监察部、财政部、农业部、审计署、国家质检总局、国家统计局、国家粮食局、中国农业发展银行、中储粮总公司参加的全国粮食清仓查库部际联席会议（以下简称“部际联席会议”），负责制定全国粮食清仓查库工作实施方案并组织实施，协调解决有关问题，重大事项向国务院报告。部际联席会议在国家粮食局设立办公室，负责组织落实清仓查库的各项具体工作。办公室下设综合协调组、技术专家组、案件核查组、新闻宣传组、工作保障组等专项工作组。
部际联席会议的主要任务：一是统一部署并组织实施全国粮食清仓查库工作。二是制定全国粮食清仓查库工作实施方案并指导各地政府组织实施。三是协调解决清仓查库中的重大事项和问题。四是组织各地师资和抽查人员业务培训。五是组织国务院部门联合抽查工作组（以下简称“国务院抽查工作组”）对重点省份粮食库存及检查工作情况进行抽查。六是汇总全国粮食清仓查库结果，向国务院报送全国粮食清仓查库工作报告。七是受理举报，核查重大案件。
