2 调整和优化行业管理的职能结构
要改变建设、养护、运输、管理、服务等在职能结构上的不均衡状态，坚持建养并重、路运并举，切实强化对设施养护和运营监管、运输服务监管的职能配置及相应的资源投入，要以公众需求为导向优化管理职能，以“三个服务”为标准衡量行政的能力和绩效。
3 正确界定决策、执行、监督的职能关系
推进决策、执行、监督职能的适度分离。凡涉及法规政策、标准规范、发展规划等抽象行政行为的决策职能，应由交通运输主管部门集中行使；凡涉及直接从事公共服务和行政执法等具体行政行为的执行职能，原则上由交通运输主管部门设立专业管理机构分类行使；凡涉及对行业行政主体及其公务人员实施监察督导的职能，原则上由专门的监督机构（如审计监察机构）独立行使。各级交通运输主管部门要高度重视在行业内部建立健全决策、执行、监督既相制约又相协调的权力运行机制。
4 改进权能手段，创新管理方式
一是切实减少和规范行政审批，要继续清理行业内行政许可项目和非行政许可审批项目，确需保留的，要减少环节、简化程序、提高透明度，建立健全联动审查机制。二是加强许可大厅、执法队伍、信访受诉和政务咨询机构等“窗口”机构的规范化建设和监督管理，健全办事程序，公开办事依据，落实便民措施，转变工作作风，提高文明服务水平。三是进一步加强电子政务建设，构建行业统一的电子政务平台，不断创新管理手段。
5 加强行业协会及中介组织自律管理
规范引导各类行业协会和中介组织的建设，促使其逐步向自我管理、自担风险、诚信规范的方向发展。理清政府管理职能和行业自律管理职能的关系，凡是政府不该管或不便管的事，如某些技术性评审、评价、鉴证，行业自律性行为规范，利益诉求性沟通协调以及行业可以自律管理的事务，应尽量交由行业协会和中介组织管理。
（三）健全地方交通运输行政管理的组织体系
1 深化各级交通运输主管部门的机构改革
一是注重梳理内部职能关系，将行政执行性职能进一步分离出来，充实到所属专业管理机构；同时将分散在各专业管理机构的法规政策、标准规范、宏观规划等决策性职能，上收集中行使。二是根据职能结构优化的需要，其内设机构的部门化设置模式，应与所属专业管理机构的部门化结构模式有所区别，避免决策层和执行层之间机构类同、职责同构。
2 优化各类专业管理机构的结构、布局和定位
省级层面要进一步优化“一厅＋专业管理局”的组织构架，按照同类职能归并、同质业务整合的原则，以及同类同质事项只设一个专业管理机构的要求，调整专业管理局的功能结构和组织布局。市（地）、县（市）两级交通运输主管部门结合本级事权，参照省级模式，确定所属各专业管理机构的设置模式，不强调上下完全对口。
行使行政职能的专业管理机构，结合事业单位分类改革的总体要求，加强自身的行政定位，加快推进事企分开（尤其是剥离直属企业单位），逐步推进政事职能分离，积极争取参照
公务员法进行管理，做好向行政机构转化[3]的组织准备。过渡阶段要对政、事、企不同性质的职能进行分类甄别和整合，内部形成不同组织体系，实施不同管理办法，为推进机构改革创造条件。无行政管理职能的专业管理机构，不纳入地方交通运输行政管理的组织体系。
3 建立健全各种专业管理的组织体系
--公路管理组织体系。根据“一厅一局”（即一个公路管理局）的机构设置要求，推进各级各类公路的统一管理。按照“明确产权，集中统一，政企分开，依法监管”的原则，实现省“厅”和省“局”对高速公路的集中管理。深化公路养护管理体制改革，尽快实现管养分离。加快农村公路养护管理体制改革，建立健全农村公路管养体系。加快代建制改革，突出政府行业监管。有条件的地区，可结合事权划分，探索实行国省干线（含高速）公路以省为主，按市（地）设置分支机构的垂直体制模式；农村公路建设管理省级指导协调、以县为主的省直管县的体制模式。
--道路运输和城市客运管理组织体系。要加强道路运输管理和城市客运管理职能的融合和机构的整合，尽快形成有利于促进城乡交通一体化的组织格局。根据行业特点，要逐步构建起条块结合、以块（城市）为主的组织管理体系。
--航道航运管理组织体系。内河航道航运管理要逐步健全干支合一、以省为主、按流域设置管理机构的体制模式。有条件的地方，要整合航道、水运管理、地方海事等机构，实行综合设置。要加快航道的管养体制和船检体制改革。
--港口、机场管理组织体系。港口和机场的建设及管理原则上以所在城市为主，省级交通运输主管部门如特别需要，可设置独立的专业管理机构，一般情况只需明确相应的归口管理或协调部门（或厅内设港口、机场管理机构）。要加强口岸的统一协调，促进电子口岸的建设。
--地方铁路管理组织体系。考虑到部省联建铁路、地方铁路建设的需要，地方交通运输主管部门应根据职能整合情况，加强地方铁路管理机构的组织建设。业务量大的省份，可在交通运输主管部门下单设地方铁路管理局，实行省、市（地）两级垂直管理；业务量较小的省份，则只需明确相应的归口管理或协调机构。城际轻轨可以中心城市为主，便于促进城市化发展。
4 精简和规范各类议事协调机构及其办事机构
一是清理行业内部此类机构，除非上级有明确要求，否则原则上应予撤销。二是清理与本行业相关的政府部门间专设的此类机构，凡由交通运输主管部门牵头的，要根据地方政府安排予以精简和规范。尚未完成工作任务的，要切实明确各部门的责任，强化目标管理。三是积极配合地方政府裁撤此类机构，裁撤后相关事务需要交通运输主管部门牵头的，要通过部门联席会议形式建立起与其他部门新的沟通协调机制。四是加强对新设此类机构的管理，确需设立的，要严格按规定程序报批，且一般不设实体性办事机构。
5 加快推进机构编制管理的法制化进程
一是积极协调地方编制管理部门，制定行业编制管理办法或指导意见，明确编制标准；二是建立健全机构编制管理与部门预算、组织人事管理的配合制约机制，加强对机构编制执行情况的宏观调控和监督检查，积极推进机构编制实名制管理。
（四）加强交通运输行业依法行政和法制建设
1 加快建设法治政府部门
规范决策行为，建立健全公众参与、专家咨询论证和交通运输主管部门决定相结合的行政决策机制。重大决策应以战略性研究或发展规划为依据，以专家或咨询机构的论证评估为前置程序。要按照“谁决策、谁负责”的原则，实现决策权力和责任的统一。加强和改进地方行业立法工作，及时梳理并逐步解决行业改革发展中的法律规范问题。积极稳妥推进行业综合行政执法改革，建立健全行政许可机构与综合执法机构之间的责权关系和协调配合机制。完善行业行政复议、行政赔偿和行政补偿制度，保障公众的合法权益。
2 推行行政绩效管理和行政问责制度
