编制及处室设置：行政编制13名，设综合协调处、监测预警处、应急指导处、应急处理处。
六、疾病预防控制局（全国爱国卫生运动委员会办公室）
主要职责：负责全国疾病预防控制和爱国卫生工作；起草疾病预防控制和爱国卫生运动方面的法律法规，研究提出政策建议；拟订全国重大疾病防治规划、国家免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善重大疾病防控体系建设；协调有关部门对重大疾病和公共卫生实施防控和干预，防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延；组织实施疾病预防控制规划和重大疾病防治项目，对落实情况进行监督检查；负责拟订检疫传染病和监测传染病目录；承担法定报告传染病疫情信息管理工作；承办全国爱国卫生运动委员会、国务院防治艾滋病工作委员会的日常工作。
编制及处室设置：行政编制56名，设综合处、传染病预防控制处、免疫规划管理处、艾滋病预防控制处、结核病预防控制处、血吸虫病预防控制处、地方病预防控制处、慢性病预防控制与营养管理处、精神卫生处、口腔卫生处、爱卫办一处、爱卫办二处。
七、农村卫生管理司
主要职责：拟订农村卫生相关法律、法规、规章；拟订农村卫生事业发展规划，提出有关政策建议；负责农村基本卫生保健工作综合管理与评估，拟订农村基本卫生保健规划，并组织实施；负责新型农村合作医疗的综合管理，组织制定新型农村合作医疗政策，并协调、组织、指导实施；参与规划并指导农村卫生服务体系建设；指导地方依法开展乡村医生执业注册与相关管理工作；收集、分析农民健康状况信息，检查评价农村重要卫生政策实施落实情况；会同有关司局拟订涉及农村公共卫生、基本医疗和人才培养等工作的有关规划，并指导实施；承担国务院新型农村合作医疗部际联席会议办公室日常工作。
编制及处室设置：行政编制16名，设综合处、农村基本卫生保健处、合作医疗处、卫生服务规划管理处。
八、妇幼保健与社区卫生司
主要职责：负责妇幼卫生、社区卫生、健康教育工作，起草有关法律、法规、政策、规划、规范并组织实施；组织拟订、实施《
母婴保健法》配套法规、规章和规范，依法对妇幼保健和生殖健康专项技术、计划生育技术服务实施监督管理；拟订妇幼卫生标准；牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作；制定妇幼保健、社区卫生、健康教育机构建设、人员岗位、技术服务和信息系统规范并组织实施；规划社区卫生服务体系建设并指导实施；组织拟订与《
烟草控制框架公约》有关的卫生政策、法规和规划并指导实施。
