因原材料涨价等因素，1988年12月2日，双方经协商签订了《关于烟台冶金新材料研究所委托吉林冶金机电设备制造厂加工制造预氧化炉和碳化炉合同的补充协议》，约定将预氧化炉由原造价35万元上调到65万元，沥清碳纤维碳化炉由原造价42万元上调到122万元；补充协议生效后两周内，烟台冶金所将新增造价110万元的50％即55万元预付给吉林设备厂，其余款项待设备在安装调试合格后一次付清。两台设备的交货期推迟到1989年3月底和5月底；如设备拖期交货，烟台冶金所将在未付款额中按每拖延一天2000元，扣除设备拖延费。该补充协议烟台冶金所签字盖章后，在由吉林设备厂带回吉林签字盖章时，吉林设备厂将补充协议第二条中“其余款项待设备在安装调试合格后一次付清”的内容变更为“设备到货后，付全部货款的90％，安装调试合格后全部付清”，将交货期限变更为1989年4月底和6月底，将第三条第三款变更为如设备拖期交货发运，烟台冶金所在未付款额中按拖延一天500元，扣除设备拖延费，并将补充协议签字盖章后寄给烟台冶金所。烟台冶金所收到修改后的补充协议后，没有提出书面异议。
　　在吉林设备厂制造加工过程中，因部分外加工件不能及时到位等原因，影响了设备的总装，故双方不能按合同约定的时间进行设备交接。1989年5月5日、10月10日，1990年2月26日，双方对设备延期交货和付款问题进行了协商，烟台冶金所认可氧化炉交货期推迟至1989年6月末，碳化炉交货期最终确定在1990年4月底。吉林设备厂最终交付设备的时间为氧化炉1989年8月5日，碳化炉是1990年6月20日。1991年7月10日，双方签订了一份《氧化炉和碳化炉调试及付款协议》，该协议约定调试中如发现质量问题，由吉林设备厂负责处理，已进行单机调试后，遗留问题待下阶段处理。由于制造质量产生的问题，吉林设备厂负责解决；由于设计和工艺不合理造成的问题，吉林设备厂协助解决，不承担责任。吉林设备厂参加预氧化炉、碳化炉投料试车工作。还约定在烟台冶金所支付2万元后，由吉林设备厂派人完成调试。余款在当年资金松动时，优先考虑支付，力争年底结清。该协议第六条约定：本协议与原合同、补充协议具有同等法律效力，若有抵触，以本协议为准。在烟台冶金所支付了2万元，该厂又派人对设备进行调试，但是，没有办理验收手续。预氧化炉和碳化炉也未试产。烟台冶金所陆续给付吉林设备厂部分加工款，仍欠加工款525835．56元。1992年11月11日，烟台冶金所以(92)烟冶财字第7号函向吉林设备厂表示，承认尚欠设备款53万余元。1994年3月31日，烟台冶金所与吉林设备厂对往来帐进行核对时称：“由于目前我所资金紧张，尾款不能付出，待资金松动时，我所再付设备款”。当吉林设备厂索要余款时，烟台冶金所以吉林设备厂逾期交货、设备质量不合格为由拒付，双方发生纠纷，诉诸法院。

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