第二，哪些犯罪应列入常设国际刑事法院管辖的国际犯罪之列？《创建国际刑事法院规约草案》规定国际刑事法院有权管辖灭种罪、侵略罪、武装冲突中严重破坏国际法和国际习惯的犯罪，反人道罪和规约附件中所列举的条约犯罪（treaty crimes）。所谓条约犯罪指仅由国际条约所规定的国际犯罪，它们是严重违反《关于战争法的1949年日内瓦公约》和《1977年第一议定书》的行为。种族隔离罪、侵害应受国际保护人员罪、劫持人质罪、酷刑罪、贩卖毒品罪等九种犯罪被列入附件中，成为条约犯罪。将条约犯罪纳入国际刑事法院的管辖范围受到了人们的强烈反对。其主要原因有三点：一是认为这类犯罪并非传统的国际犯罪，它们只是缔约国间认定的国际犯罪；二是认为所有这些犯罪都交由国际刑事法院审过，将导致国际刑事法院负载过重，影响其工作成效；三是不少国家担心这些条约使缔约国对国际犯罪负有“或起诉或引渡”的义务的模式被强权国家利用。这一点是人们反对将条约犯罪纳入国际刑事法院管辖的主要原因。
将侵略罪纳入国际刑事法院的管辖范围也遭到了人们的强烈反对[8]。原因在于：第一，曾经在起草侵略定义时遇到了很多困难；第二，《创建国际刑事法院规约草案》反映了强权国家坚持的在对犯罪者个人提起公诉之前必须首先由安理会判定国家实行了侵略行为。
从目前情况看，条约犯罪和侵略罪似乎会被排除于国际刑事法院的管辖范围，只有灭种罪、战争罪和反人遭罪这类既被规定于国际条约又违背了国际习惯的各国公认的传统国际犯罪才会被列入国际刑事法院的管辖范围。这种作法无疑将会使首次提议创设国际刑事法院的加勒比海国家失望。因为他们力促设立常设国际刑事法院的目的要么旨在将贩毒者送上法庭，要么把国际刑事法院当作国际反恐怖主义措施的基本武器。
按照法律明确性的要求，如果设立国际刑事法院必须明确定义这些可能被列人的国际犯罪，那么将是一件令人头痛的危险之举，例如，战争罪的范围就是一个难以界定的问题。它是否既包括国家间的武装冲突也包括非国家间的武装冲突呢？这个由来已久，争论不休的传统问题在关于设立常设国际刑事法院预备委员会内再次被激烈争论，难以形成统一的意见。许多国家也不赞同将战争法的适用范围扩大到非国家间的武装冲突[9]。
第三，国家主权与国际刑事法院管辖权的冲突。国家的刑事司法权是国家主权的主要表现形式之一，它自然也是至高无上的，不受任何外来力量和意志的干涉与控制。按照各国法律规定，国家有权管辖其主权范围内的国内犯罪和国际犯罪。但是国际犯罪不同于国内犯罪，它有其特殊性，它比一般的国内犯罪要复杂得多。要想仅由某一个国家或某几个国家去预防、禁止和惩治国际犯罪实属天方夜谭，而且由一个国家或某几个国家对国际犯罪实行管辖还很可能侵犯到其他国家的刑事管辖权，冒犯其国家主权。所以，国际社会必须联合起来，采取一致行动，禁止和惩治国际犯罪。这也正是国际刑法存在的根据。那么，在条件成熟的情况下，设立常设国际刑事法院这一超国家机构对国际犯罪实行刑事管辖权是否就一定侵犯了国家主权呢？对于这一问题，国际社会仍在喋喋不休的争论。实际上这也是创建国际刑事法院，构造国际刑法直接执行模式最大、最关键的障碍。
