（三）处遇手段及其结构研究
分门别类研究不同囚犯之处遇手段及其结构是深化监狱制度改革的必然要求，其中罪犯处遇手段及其结构是重中之重。首先，研究罪犯劳动、罪犯教育和狱政管理三大手段的表现形式及各手段在体系中所处的地位和作用；其次，增设其他矫正手段之可行性，论证心理矫治以及某些信教罪犯的宗教教诲等内容；第三，未决犯的无罪防范处遇手段结构和劳动教养者之教养处遇手段结构也应进入学界视野。
（四）监狱工作人员人事制度研究
监狱作为国家机关的重要组成部分，其工作人员人事制度必然融入公务员制度系列。但几十年企业人员管理体制的痕迹至今没有完全消除。未来世纪监狱工作任职条件应是获得公务员资格后，还须具备监狱学专业培训经历。监狱工作人员的录用、考核、轮训、离退休、福利制度仍是研究焦点之一。
（五）囚犯研究
作为监狱关押对象的囚犯研究是重要课题，研究各类囚犯的法律地位，其中包括已决罪犯的特点、结构在21世纪的变化，都是学界将不遗余力予以突破的难关。
（六）监狱生产问题研究
监企合一是50年代以来以计划经济体制为依托的无风险监狱经济体制，随着市场经济的发育和成熟，要求参与市场竞争的主体确定风险机制后，监狱生产的经济效益严重滑坡，严重冲击了监狱的法定职责的顺利完成，降低了罪犯改造质量。剔除监狱经济风险机制，纯化监狱职能，仍是下世纪监狱制度改革的主旋律。
（七）出狱人保护制度研究
在计划经济条件下，我国出狱人保护机制主要通过强制留场、原单位接受、街道或社会安置的途径来实现。而在社会转型时期面临大量失业人员的市场经济背景下，原机制已经名存实亡。创建新的出狱人保护机制乃是监狱学界不可遗忘的课题。
三、监狱学研究方法的创新
（一）强化思辨方法
思辨方法，从本质上说，是一种抽象的或定性的方法，监狱学不能简单地描述监狱表象，注释监狱法律，主要的还要揭示隐藏在表象与法条后面的规律，而这须依靠思辨方法。学科研究缺乏思辨色彩是监狱学幼稚的重要表现之一。提高思辨能力是学界当务之急。
（二）深入实证研究
实证方法是一种直观的或定量的方法，可弥补思辨方法易于空泛的缺陷。目前学界研究基于管理体制等原因而缺乏信息，从而影响到宏观的实证研究，如押犯人数和结构、监狱数量和规模，都属于保密范围。没有深入的实证研究，必然导致思辨贫乏。深入实证研究是监狱学趋于科学的桥梁。
