然而，对于公诉权滥用论的主张，不仅在法学界内部受到平野龙一等权威学者的严厉批评，而且受到检察官在诉讼内外的普遍抵制。曾任法务大臣官房审议官的龟山继夫认为，日本现行刑事诉讼法不仅完全否定了对起诉裁量权从外部进行一般审查的必要性，而且连例外的审查措施都没有规定，在这种情况下，公诉权滥用论作为现行法的一种解释论，在适用时只能作为极其例外的非常救济手段，不得因此而影响本案的法定程序。虽然从理论上说，检察官作为公益代表人在行使公诉权时仍有不当或违法的可能，但并不需要像公诉权滥用论主张的那样，在通常程序之外加设审查程序。对于缺乏犯罪嫌疑的公诉，从被告人的救济方面来看，与其重复审查，不如通过终局的无罪判决以及本案外的国家赔偿等手段更为有效和迅速；对于应当决定起诉犹豫而起诉的，法院离开具体案件的实体审理是不可能对此作出正确判断的，即便进行审查，其范围也只能限于明显是检察官基于恶意而进行差别追诉这种极端例外的情形，一般当不当的问题，应当通过刑法上的违法性理论或缓刑规定予以解决，必要时可以考虑在立法上规定酌定免除处罚或缓期宣判等制度；如果一定要从程序上寻求对策，可以通过灵活地运用撤回公诉等方法处理。至于侦查程序违法是否直接导致起诉程序违法或无效的问题，应当首先委诸检察官判断，以程序违法为由宣告公诉无效而结束诉讼程序的，只能是极个别的情形。如果要从立法上考虑起诉裁量权的一般审查问题，根据日本国情，改革现有的检察审查会制度并充分加以灵活运用，乃是现实之举（参见龟山继夫《检察的机能》，载《现代刑罚法大系》第5卷，日本评论社1983年版第48— 51页）。
判例的变迁
由于检察官的竭力反对以及学者之间的意见分岐，日本各级法院对于公诉权滥用论曾长期持否定态度。最高法院在1949年12月10日对樱山煤矿案件的上告审判决中认为，即使提起公诉具有侵害劳工争议权的意图，只要提起公诉的程序合法，作为法院就不能以公诉不合法为由而予以排斥（参见日本《最高法院刑事判例集》第3卷12号1933页）。但是，进入60年代以后，下级法院陆续出现了从理论上肯定公诉权滥用论的判例，其中为首者当推东京地方法院于1962年1月22日对于“第二次国会乱斗案件”所作的一审判决。该判决认为，“既然提起公诉本来应受起诉便宜主义这一原则的支配，如果公诉对该原则运用不当，或者检察官滥用公诉权，这种公诉必须被宣告为不合法”。此后，大阪地方法院（1965年9月8日）、福岗高等法院（1968年2月21日）、东京高等法院（1968年12月3日）、仙台高等法院（1968年12月24日）等相继作了类似的判决或裁定。与此同时，地方法院仍然存在大量的否定公诉权滥用论的判例，特别是最高法院顽固地坚持：“即使侦查程序违法，也未必能够使提起的公诉失去效力”；就是肯定公诉权滥用论的判例中，除大森简易法院1965年4月5日以逮捕程序违法为由确认公诉无效而判决驳回公诉（后被最高法院撤销）以外，直到1977年川本案件二审判决之前，下级法院也还没有出现以滥用公诉权致使公诉无效为由而对本案驳回公诉的判例。
