1939年夏，王铁崖到柏林访问，那里世界大战一触即发的气氛促使他决心返国。同年8月，他回到祖国，满怀报国热忱，但尝到的是失业的滋味。勉强谋到一个刊物编辑的职位，却因编辑部遭到日本飞机轰炸而重陷困境。但这次最重大的损失是他多年倾心搜集的图书资料在日本轰炸中被烧毁殆尽。幸运的是暂设四川乐山的武汉大学邀请他去任教，王铁崖从此开始了他的国际法讲学生涯。这一年，他27岁。
　　王铁崖在武汉大学开设国际法、中国外交史、欧洲外交史三门课程，还讲授国际法案例专题。抗战时期的四川，物价飞涨，已是教授的王铁崖生活仍是很窘迫。然而，这并没能使他放弃对国际法学的无尽追求。他的一位学生，后来担任过最高人民法院副院长的端木正回忆说：“我记得王铁崖老师在1941年住在乐山一间自租的旧式房子里，卧室、书房、会客室都在一间里，同学来多了就只能有坐有站，但照样在讲学论道！”后来，王铁崖转赴设在重庆的中央大学任教，生活仍然困苦异常。1942年结婚后，竟经常举债度日。但他仍然完成了《新约研究》和《战争与条约》两部著作，分别于1943年和1944年出版。在当时国际法著作稀少的情况下，这两部书的出版，无疑是十分宝贵的。端木正说：“王老师的《新约研究》和《战争与条约》两书都是用四川土纸印刷的，我当时在昆明买到，立即和两位同学如获至宝地拜读，也不怕伤了眼力。”
　　王铁崖在这一段时间里研究的重点，即自五四以来的二三十年间，中国国际法学者研究的重点—条约问题。20世纪40年代的中国，在饱受列强的百年欺侮后，在对外关系中面临的最重要的国际法问题就是废除不平等条约以及有关的法律问题。王铁崖这一时期的著作正体现了时代的方向，也是那个时期启蒙与救亡运动不可分割的一部分。
　　执教北大 立言煌煌
　　1946年秋，王铁崖应邀到北京大学任教。五十余年来，他扎根北大这片科学民主的沃土，耕耘不懈，以卓绝的毅力和胆识，使国际法学在北大深深地扎下根来，北大成了中国首屈一指的国际法学教学与科研基地。
　　王铁崖到北大后，先任政治系系主任，后到法律系任教。1952年院系调整，北大政治系、法律系均被取消，王铁崖复应翦伯赞之邀，到历史系任国际关系教研室主任，讲授国际关系史，并完成了一部重要的编著《中外旧约章汇编》，它收集了自1689年《尼布楚条约》到1949年间中国同外国所签订的1182件条约。全书共三卷，340万字，其工程之浩大，资料之完备，是中国旧条约汇编中从未有过的。直到今天，这部凝结了王铁崖十几年心血的条约汇编，仍是研究中国历史、中国外交史和中国对外关系中的一部必备参考书。
　　1954年，北大法律系恢复，王铁崖重返法律系，任国际法教研室主任。而当他满腔热忱，准备在学术领域大有作为之时，1957年的反右运动开始，他被错划为右派，被剥夺了教学和科研的权利，到图书馆整理资料。虽然身处逆境，他仍怀着对国际法的热爱，编辑了一本《海洋法资料汇编》，又与他人合作翻译了《海上国际法》。他还自己翻译了著名国际法学者凯尔森的著作《国际法原理》。这些得之不易的学术成果，都在日后获得了它们应有的学术地位。

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